Физик Гордон Фримен, простой ассистент исследовательского центра Black Mesa, оказывается в центре космической войны, начавшейся из-за неудачного научного эксперимента с телепортацией. Правительственные силы, посланные с целью ликвидировать инопланетную угрозу, уничтожают не только чужих, но и вообще всех свидетелей происшедшего.

Благодаря экспериментальному защитному костюму Гордон выживает и, в конце-концов, уничтожает то, что является источником вторжения монстров. Однако, победа оказалась недолгой. Героизм Гордона привлекает внимание зловещего межпространственного бюрократа, называемого G-Man, который помещает Гордона в стазис далеко от Земли, сознания и времени вообще.

Гордон пробуждается примерно два десятилетия спустя. Земля искажена до неузнаваемости инопланетными завоевателями, известными как Альянс. Вскоре он становится центральной фигурой растущего движения Сопротивления, возглавляемого восставшими учеными из Black Mesa - доктором Айзеком Кляйнером и Илаем Вэнсом.

С помощью дочери Вэнса, Аликс, и её огромного домашнего робота, Пса, Гордон отправляется в путешествие и поднимает повстанцев на открытую войну с угнетателями. Но он становится узником огромной крепости Альянса, называемой Цитаделью. Здесь учёный встречает ставленника Альянса, предателя человечества, доктора Уолесса Брина. Гордон бежит и, при поддержке Аликс, ставит точку на предательстве Брина, уничтожая телепортационный реактор Цитадели. Появившийся G-Man снова бросает свою пешку - Гордона на полку холодной бессрочной камеры хранения.

Действие Episode One разворачивается сразу после окончания событий Half-Life 2. Нашу беседу с G-Man прерывают вортигонты, которые спасают Аликс, а самого G-Man прогоняют. Но тот обещает вернуться.

После чудесного спасения нам в компании с Аликс предстоит задержать взрыв Цитадели и попытаться спастись из города вместе с остатками повстанцев и мирных жителей. По пути к спасению мы узнаем, что взрыв башни Брина привел к изоляции сил Альянса от родного мира, а взрыв Цитадели инициирован самим Альянсом с целью высвободить достаточно энергии для восстановления связи.

Нам придется встретиться как с новыми врагами, так и со старыми друзьями - дружище Барни как всегда приветлив, а верная Аликс сопровождает нас на протяжении всего эпизода, оказывая нам неоценимую помощь. Финал игры, как обычно, оставляет больше вопросов, чем ответов. Но оно и к лучшему...