Сюжет второго эпизода начинается там, где заканчивается Episode One. После взрыва Цитадели поезд, на котором уезжали Гордон Фримен и Аликс Вэнс, попадает под взрывную волну и терпит крушение.

Им приходится добираться до главной базы Сопротивления — комплекса «Белая Роща» — своими силами. Главная цель — доставить в Белую Рощу данные, добытые в Цитадели, где содержатся секретные планы руководства Альянса, а также код частоты сверхпортала, образовавшегося над разрушенным Сити 17.

Этот портал должен вновь прочно связать Землю и вселенную Альянса, что грозит человечеству приходом подкрепления инопланетных захватчиков и повторением Семичасовой войны («Если он наберёт полную силу то повторится Семичасовая война. Только на этот раз нам не продержаться и семи минут…» — Илай Вэнс).

Однако, используя код частоты волны портала, у повстанцев есть возможность закрыть его при помощи ракеты со спутником, на котором установлен «ксен-резонатор», запустив его из Белой Рощи. Но все усугубляется тем, что разведка Альянса обнаружила базу и туда уже направляется ударная армия. Фримен и Аликс вынуждены поторопиться, чтобы успеть доставить данные и предупредить повстанцев о надвигающейся угрозе.